银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。
大学教授瑞贝卡（艾琳·卡希尔 Erin Cahill 配音）正在研究死者复活伤人时间，由此发现了新型病毒的存在，并且迅速研制出了针对这种病毒的解药，哪知道在这个节骨眼上，研究所遭到恐怖分子的袭击，好在关键时刻克里斯赶到了，救出了瑞贝卡。之后，两人同美国总统直属部队DSO的成员里昂（马修·默瑟 Matthew Mercer 配音）汇合，三人发现，格伦真正的目标正是新型病毒，他想要制造一场破坏性极强的生化危机。
在Shinoda Koichi（日野聪配音）眼中，Shina Jimei（小泉雅美配音）是女神般的完美存在。她害羞的性格和安静的性格吸引了他，但小池明白他和集美之间有着非常遥远的距离。
