故事发生在名为宫神学园的私立高中内,在这所学校里,存在着一个权利凌驾于教职员之上的学生会组织,名叫极上生徒会,在这所以学生为中心运作的学校里,极上生徒会不仅要维系学校正常的运作,还要解决发生在校园里的大大小小的麻烦。人类为了解开「兰道夫症候群」的原因、获得异形的DNA情报以及丰富的地下资源,人们纷纷前往深渊之中。