前一部作品(第一部系列)两年前,该作品描绘了主角莫野莫果和最好的朋友佐藤和樱花的友谊,他们有一个主要联盟的父亲。Ogo和Mutsuko是小学六年级的学生,当时正值初中生的春天。Ogo去了私人森林里的棒球俱乐部,他的姐姐Izumi也经过了那里。
就这样,秦普升上了高中,她认为自己压抑的生活会继续下去。没想到,一群朋友的出现彻底改变了她的生活。Yoshizuki Masako(Fujima Rune配音)看起来无忧无虑,但有一颗非常纯洁的心,他痴迷于证明超能力的存在。川泽由里子(由Kazuka Kazuzawa配音)和骄傲天真的森谷里和(由Yurika Kubo配音)都有这些朋友陪伴。在这些朋友的帮助下,木村体验到了正能量,她与雅子的关系也发生了微妙的变化。
革命历228年,E.U.联盟联军少校蕾拉·玛露卡尔(坂本真绫 配音)和中尉阿基德(入野自由 配音)在巴黎期间化险为夷,将企图绑架吉恩·史麦拉斯将军(石冢运升 配音)的11区日本少年成濑幸也(松冈祯丞 配音)、佐山流(日野聪 配音)和香坂彩乃(日笠阳子 配音)招募到W Zero部队。在另一边的帝国内,信·修加·夏音度(松风雅也 配音)成功篡位,被封为圣米迦勒骑士团的团长,即将迎来和阿基德的宿命重逢。E.U.联盟对成濑等人充满不信任感,时刻密切监视着他们。不久,联盟决意将W Zero部队空投至帝国的腹地华沙执行死亡任务。蕾拉坚持和阿基德以及新加入的三个战士同往,等待他们的是圣米迦勒骑士团的强敌……