2020年，互联网已经成为当今人们生活中不可或缺的一部分。然而，人类没有意识到的是，互联网的另一端有一个无限的世界——数字世界，以及居住在其中的数字野兽……以首都圈为中心的大规模网络故障，信号灯闪烁，户外屏幕混乱。。。
之后，一个神秘的环保组织SKBE掳走了小新一家人，而为首的，竟然是双叶里的里长四膳守（山寺宏一 配音）。原来，四膳首是一位激进的环保主义着，妄图通过一种神秘的药物将破坏环境的人类全部都变成动物，而小新捡到的神秘液体就是还尚处于测试阶段的药物，四膳守准备将美伢和广志当做实验对象进行研究。在神秘女子维多利亚（后藤邑子 配音）的帮助下，小新一行人成功出逃，他们和春日部防卫队一起，决心破解四膳守的阴谋。
作为一所普通高中，B组即将在一年后开始春假。学生们没有意识到天空的浩瀚和地球的厚度，他们大吵大闹，却没有意识到持续数月的风暴正在向他们袭来。等级老师森口裕子（松石子饰演）完全无视混乱，悄悄地向学生们做了最后的忏悔。
