为了追踪叛忍百足,五代目火影网手(胜生真沙子 配音)命令大和(小山力也 配音)率领小樱(中村千絵 配音)、漩涡鸣人(竹内顺子 配音)、佐井(日野聪 配音)等人前往楼兰。楼兰某处地下藏有蕴含巨大能量的龙脉查克拉,很久以前被第四代火影封印。
身负重伤的斗牙王用天生牙救活被猛丸杀死的爱人,随即与猛丸展开决战。恶战之后,斗牙王生命将终,他命冥加将天生牙和铁碎牙分别赐予杀生丸和犬夜叉,而拥有邪恶强大力量的丛云牙则被永久封印。 数百年后,丛云牙通过食骨井来到现代,并摆脱了封印的束缚。它先控制犬夜叉的身心,回到战国时代与杀生丸展开一番恶战。危难之际,戈薇的力量使丛云牙被迫离开犬夜叉的身体。但它很快又找到新的替身,并且将已化作白骨的刹那猛丸重新召唤回人间,向斗牙王的两个儿子展开报复……
主人公久比樱对未来世界产生了影响(发明了“恋童癖口服液”,将世界各地未来的女孩变成12岁的样子);因此,为了改变未来,困惑的天使杜库罗通过一个来自未来的抽屉遇到了主人公,但他一到,就杀死了可怜而不知情的主人公。