故事发生在20世纪80年代,当时中学生三桥贵治(河濑贤治饰演)和伊藤真司(伊藤健太郎饰演)转到了一所新学校。为了显得更加阴险,他们不约而同地换了一个犯罪男孩的服装。刚开始上学,两个人意外击倒了十个人,并在一场战斗中成名。
无法在这个世界使用炼金术的爱德华,与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一起研究火箭的科技,希望借助火箭回到原来的世界。另一边的炼金术世界,弟弟阿尔冯斯修行炼金术,打扮宛若曾经的爱德华,与国家炼金术士们一起寻找找回哥哥的方法。 而暗地中,慕尼黑的一个神秘组织开始了寻找理想国“香巴拉”的仪式,连接炼金术世界与现实世界的“门”被打开了。 兄弟二人的命运与两个世界的危机交织在一起,爱力克兄弟要面对前所未有的挑战。