在这期间,知贺渐渐发现自己好像爱上了会长,他情不自禁吻了他,二人的关系从此发生变化。 与此同时,一个神秘的入侵者潜入国齐家里,对他进行性侵犯。知贺及时赶到,救了国齐。对于国齐的遭遇,知贺感到后悔莫及,怪自己没有好好保护他。惊魂未定的国齐却掩盖了一个羞于启齿的事实:他把神秘人的侵犯当成了知贺的爱抚。以后他将如何面对知贺……
柯南、小兰等人理所当然也接到邀请,甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝,双方的对决悄悄展开。另一方面,恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久,红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所,并盗走一种致命的病毒。 本片根据青山刚昌的同名漫画改编,是该动画的第14部剧场版。