一天晚上,美丽而富有的女作家凯瑟琳(莎朗·斯通饰)在与一位足球明星举行派对后开车下水,但这位明星死了,凯瑟琳安然无恙。警方怀疑这是一起谋杀案,并任命精神病学家格拉斯(大卫·莫里西饰)对凯瑟琳进行心理评估。由于其他原因,凯瑟琳被判无罪。
某日,在同MU激烈交火之时,一位名为神名绫人(下野紘 配音)的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中,在这里,绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”,并且成为了它的驾驶者。 在神秘女子的紫东遥(久川绫 配音)的带领下,绫人来到了防护壁之外,加入了TERRA,并且在那里遇见了名为如月久远(桑岛法子 配音)的女子。MU组织对TERRA发起了进攻,当TERRA的存亡陷入危机之中时,绫人再一次驾驶着Rahxephon,成为了这个组织的救世主。