游戏以前作 2 年后的日本乡村小镇“稻羽市”为舞台，玩家将扮演刚转学到稻羽市八十神高中 2 年级的主角，在追查神秘连续杀人事件时，潜在的“PERSONA”能力觉醒，同时也开启了进入异世界的大门，与其他 PERSONA 召唤者一同挑战神秘的迷宫。 游戏承袭前作的基本系统并加以强化，结合校园冒险与迷宫战斗 2 大部分。冒险部分将让玩家体验与形形色色的夥伴结交与互动的过程；战斗部分则让玩家与夥伴组队深入本作全新登场的乱数产生迷宫，发挥各自的 PERSONA 之力对抗异世界的神秘怪物。
来自一家大型饮料公司的OL Kawahara与她的男友Yuri Nagasawa（长泽康美饰演）和她的男友Yoshihiro Koizumi（高桥由纪饰演）一见钟情。原本，生活是平静而简单的，但一切都被突如其来的事件打乱了。
二阶堂夏步（堀江由衣 配音）是个名副其实的千金大小姐，自幼备受呵护，不懂如何与同龄人来往，渐渐地养成毫无自信心、消极待物的性格。以升学为契机，她终于摆脱父母束缚，一个人搬进了住满各式租客的华住庄。
