为了防止犯罪团伙报复他，信义决定匿名并秘密追捕他们，希望能获得解药。有一天，新一的女友Maurilan来到阿里医生家，寻找她男朋友的下落。被小兰抓住的新一很快编造了自己的名字江户川柯南，然后柯南就和小兰在一起了。小兰的父亲森小五郎是一名私家侦探。新一可以利用他出去和他一起调查夜人的下落。柯南在小学时遇到了布美等小学生，他们一起组织了一支青年侦探队，向罪犯宣战！
故事发生在遥远的未来，肆虐的异生兽给人类的安全带来了巨大的困扰，为了抵挡异兽的进攻，日本政府成立了防卫组织TLT，其中，夜袭队拥有着最强大的实力和最强劲的武器，是整个组织内部的中坚力量。
