一座平凡的高中内，不善与人交流的帅哥寺坂利太（山崎贤人 饰）超受女孩欢迎。不过在超爱幻想的女孩松崎羽鸟（桐谷美玲 饰）眼里，那些女孩都是形同杂鱼般的人物。小学时候，利太因为母亲与人私奔而受到欺负，这时候羽鸟出手相助，两人也因此成为好友。
为了防止犯罪团伙报复他，信义决定匿名并秘密追捕他们，希望能获得解药。有一天，新一的女友Maurilan来到阿里医生家，寻找她男朋友的下落。被小兰抓住的新一很快编造了自己的名字江户川柯南，然后柯南就和小兰在一起了。小兰的父亲森小五郎是一名私家侦探。新一可以利用他出去和他一起调查夜人的下落。柯南在小学时遇到了布美等小学生，他们一起组织了一支青年侦探队，向罪犯宣战！
