于是,一些有特殊能力能够杀死神灵的少年和少女们出现了,我们称他们为弑神者。 草薙护堂(松冈祯丞 配音)是一个普通的高中生,一次偶然中,他打败了军神继承了他的能力,从此,一条弑神的道路在护堂面前展开了。与此同时,少女艾丽卡(日笠阳子 配音)、巫女万里谷祐理(花泽香菜 配音)、艾丽卡的好友利利亚娜(喜多村英梨 配音)等人也都逐渐发现了自己的能力,随着战斗的深入,他们发现,单打独斗绝非正道,只有团结起来,利用优势隐藏劣势,才有可能战胜那最后的,最可怕的,也是最强大的敌人。
三年前太空飞船猎户号坠毁学园都市,由此引发了严重的惨剧,而该事件也促成宇宙电梯恩底弥翁(Endymion)的建设。在恩底弥翁接近完工的前夕,上条当麻(阿部敦 配音)和茵蒂克丝(井口裕香 配音)揭示了热爱歌唱的少女鸣护亚丽莎。
刑警木场修太郎(关贵昭 配音)调查此案,发现加莱子似乎有着神秘的重要身 份,同时以多摩为中心,整片地区陆续发现许多被分尸的尸体残块,关注整个事件的中禅寺敦子(桑岛法子 配音)、关口巽(木内秀信 配音)、鸟口守彦(浪川大辅 配音)为了写出内幕报道,调查中在森林中发现古怪建筑物,如巨大的匣子,一切谜底的最终还要靠京极堂(平田広明 配音)揭开……