而造成众多离奇事件的神秘组织核心“园咲家”的每个人,都在风都有着很大的影响力。挑战Dopant们引发离奇事件的翔太郎和菲利普两人,使用六根“盖亚存储条”合体变身成假面骑士W,决然地对抗着园咲家族。 园咲家族的目的到底是什么?假面骑士W、菲利普神秘的过去又是什么?隐含着众多谜题,假面骑士W的战斗拉开帷幕……
2017年,E.U.联军132部队向圣彼得堡挺进,但遭到帝国军队的围困,面临全军覆没的危险。联军少校蕾拉·玛露卡尔(坂本真绫 配音)将旧日本青年组成非正规军W Zero部队,并提出以这支部队营救132部队的建议。但是在最为凶险的前线,他们不过肩负着牺牲自己来营救友军的悲哀命运。惨烈的对决过后,W Zero部队的中尉日向瑛斗(入野自由 配音)成功完成任务。 而战争还远远未曾结束,新的阴谋与危机浮出水面……