为了防止犯罪团伙报复他，信义决定匿名并秘密追捕他们，希望能获得解药。有一天，新一的女友Maurilan来到阿里医生家，寻找她男朋友的下落。被小兰抓住的新一很快编造了自己的名字江户川柯南，然后柯南就和小兰在一起了。小兰的父亲森小五郎是一名私家侦探。新一可以利用他出去和他一起调查夜人的下落。柯南在小学时遇到了布美等小学生，他们一起组织了一支青年侦探队，向罪犯宣战！
某日，名不见经传的漫画家苍木门（松田龙平 饰）结识了名为恋乃（酒井若菜 饰）的可爱女子，巧合的是，恋乃在工作之余，亦是一名同人漫画家。两人以“漫画”为契机成为了无话不谈的好友，并且相约一同去参加某著名二次元机构组织的郊游活动。
