为了对抗突然出现的人类敌人“尼禄”,世界各国组成了一支联合军队。但只有拥有特殊魔法的女孩才能对抗她们。由联合部队领导的柏林夺回行动终于开始了,第501联合作战航空团“对女巫的袭击”再次组建了一支军队。1988年7月,关东地区使用新型炸弹进行爆破,第三次世界大战即刻爆发。31年后,人类从一片废墟中重建都市,东京湾上建立了巨大城市——新东京。世界仿佛要恢复到以前的繁荣。