三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。 遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。
当青木反复品尝着内心的甜蜜时，他震惊地发现桥下的橡胶上写着他的同学井田（木黑莲饰演）的名字。很明显，青木喜欢的是英俊冷酷的井田。结果，井田忍不住看到了这个橡胶。为了帮助心爱的女孩保守暗恋的秘密，青木站起来说，这个橡胶是他自己的。就这样，苦涩的初恋开始于一个小小的误解和一个无害的谎言，慢慢展开。
