清静和宰（石来光宏配音）是一个善良而普通的年轻人。他的妹妹清静和叶（能藤美子配音）的去世永远改变了他未来的道路。袭击Heye的是一种被称为“NOVA”的外星实体。
为了防止基德得手，女王身边布置大批保镖和警力。中森警官是日本警方的总代表，而他的女儿青子以及基德的真身快斗也同在这列火车之上。 眼看离预定时间越来越近，快斗却始终没有找到宝石真正的藏匿地点。与此同时，国际宝石大盗杰卡尔和罗丝也尾随前来，他们企图在基德得手之际趁火打劫。同在火车上的柯南从伪装成乘务员的罗丝身上看出蹊跷。一场宝石的攻防战随即展开……
在为忠臣秀吉的第17次仪式做准备的路上，Teresaka偶然遇到了他的前盟友濑户孙左卫门（吉本宏饰演），后者在袭击吉野上之助（福本清三饰演）的前一天晚上逃离了。如今，孙佐已经变身为一名古董商人，与美丽温柔的女孩柯茵（庭艳饰演）住在一起。他和柯茵既是父女，又是恋人，她是孙佐愿意承担责任、活在地球上的唯一原因。。。这部电影改编自Ikomiya昌一郎的同名小说原著。
