由于长距离子空间导航造成的时间和空间扭曲，导致人类返回的地方在20000年后变成了“地球””。在这个地球上，主人公庆南等人在被哥斯拉攻击的同时，与埃切弗族和比尔沙尔德族的外星人一起，实施了20年的“对抗哥斯拉的战术”，并通过一场致命的战斗成功击败了哥斯拉。但喜悦并没有持续太久。真正的哥斯拉“哥斯拉地球“隐藏在地下深处的东西出现了。在长达2万年的持续生长和生存过程中，青南和其他人在哥斯拉压倒性的破坏力面前分崩离析，哥斯拉进化成了这种姿态。拯救青南的人被认为是人类的残余，即米亚纳的富图阿人。富图阿是他们在地球上遇到的第一个人类。他们会是人类的后代吗。“福图亚之神也被哥斯拉打败了，现在只剩下鸡蛋了。挑战者和抗议者都被火焰吞噬了，消失了。”面对他们，庆南回答说，“这是用人手夺回地球的最后机会。”，注意到Fortuya使用的箭头是由“对金属体和纳米的自律思考”制成的，他很高兴。这是由与“机械哥斯拉”相同的材料组成的，他们在21世纪在富士山脚下开发了“对抗哥斯拉的决定性武器”，并在启动前被摧毁。这恰恰证明了当时的开发设备在今天仍然存在。
由“国家组织CIRS”新设的特殊技能训练校“美滨学园”…… 因各种原因失去归所的少女们被交付的是，枪与实弹。 使用手枪的玲奈、擅长狙击的桐花、炸弹与信息处理的克莉丝、负责谍报活动的忍者邑沙季。 她们每天都以SORD成员的身份，处理警察及自卫队无法解决的事件，不断进行着危险的活动。 K县U港——。准备入国的重要人士突然消失了。 SORD成员开始调查失踪事件，但每当即将捕获消失的“行李”时，就会在还差一点的时候被其逃脱。 与姊妹校“京船樱丘”的SORD成员双子姐妹并肩作战，以及争执。 以及——在夜晚的城镇中疾奔的神秘女骑手“Soul Speed”·真纪的传闻——。 追踪最终转变成壮烈的死战，将身心一并撕裂。 ……但这同时还是，通往玲奈她们相遇之前的过去的旅程。
