本片改编自TYPE-MOON制作的文字冒险游戏《Fate/day-night》,是三部作品中最终“HF Line”动画剧场版游戏的第二章。通过女主人公樱建通的视角,它告诉了一个主与灵魂为了获得能够满足他们所有愿望的圣杯而进行战争的故事。
主人公——少年三日月·奥古斯,从所属的民间警备公司克律塞安保公司(下称CGS)那里,接受了打算让在地球势力统治下的火星都市独立的少女库德莉亚·蓝那·伯恩斯坦的护卫任务。但,CGS受到摘取反叛之芽的武力组织加拉尔霍恩的袭击,于是在把三日月这些孩子当做诱饵后撤退了。少年们的领袖,奥尔加·伊兹卡认为这是个机会,并决定对虐待自己的大人们掀起反旗。被奥尔加托付击退加拉尔霍恩的三日月,利用被当做CGS动力炉来使用的“厄祭战”时代的机动战士——高达·巴巴托斯,向敌军发起挑战。
受熊坂虎吉(若山富三郎 饰)推荐,绯牡丹阿龙(富司纯子 饰)前往名古屋拜会西之丸一家,继续自己的修业之旅。西之丸控制着神宫一带的博采行业。而金原一家的组长金原铁之助(小池朝雄 饰)则与议员古田(内田朝雄 饰)勾结,觊觎赌博放款人的位置。