对外面的世界一无所知。我对自由的天空一无所知。他们的任务只是战斗。敌人是一个巨大的生命实体，被称为龙，它被所有的谜团所覆盖。为了对抗看不见的敌人，孩子们登上了一个名为“FRANXX”的机器人“。他们坚信乘坐它是他们存在的证明。有一个年轻人曾被称为神童。代码016。这个名字叫光。但现在他已经跌入了谷底。这是一种人们不需要的存在。如果你不乘坐FRANXX，它就好像不存在一样。在这样一群人面前，有一天，一个名叫02的神秘女孩出现了。她的前额有两个明亮的角。我找到了，我的DARLING
2004年1月8日，一名自称莲妹的女子终于走到了世界上不存在的如月站外星人站，并在网络论坛2ch上发表了自己的经历。在直播中记录了恐怖经历的莲妹，之后没有收到她的消息（还有一份生存报告声称11年后是莲妹，但真实性未知）。
POLYPHONICA大陆的科学水平是地球的现代～近未来的水准，与地球现代科学产物同样的东西也基本存在以外，所谓的未来城市也一样存在。与之平行的是，借助演奏“神曲”的精灵力量这样的技术体系也同时发展着。似乎在这个世界隐藏着极大的秘密，精灵和人类不知不觉就面临着真相揭晓的那个时候……
