美绪介绍下，他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一挑战）、天才程序员原。期间灰原的举动异常。 大木提前入住B塔被害，目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系，不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片，两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时他找到灰原举动异常的原因，却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉（灰原）。 开幕酒会上，美绪向宾客展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀，死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图，她的身下也有一个小酒杯，不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接，A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻，柯南注意到正有一支枪瞄准园子，心中给出了所有疑问的答案，但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。
乍一看，这是一个非常普通的日本家庭，但事实上，每个人都有不想让别人知道的秘密。直到有一天健二回到他空荡荡的家，一切都开始浮出水面。。。这部电影以东京的一个四口之家为缩影，深入展示了其内部动荡，勾勒出其成员的挣扎，从而指挥了东京乃至日本无数人在世界经济格局转变、金融危机、中东战争等动荡局势中的生存处境。这部电影被选为2008年《电影周刊》的十大日本电影之一。获得戛纳电影节评委会“一个焦点”单元奖。在第三届亚洲电影奖（AFA）上获得最佳编剧和最佳影片两项大奖。
在美国的一个“虚拟太空工厂”里，安吉洛·拉里博士正在研究一个可以快速提高人类智力的“项目5”。在过去的5年里，Angelo博士的研究对象是几只精心挑选的猩猩，实验表明，在虚拟空间的刺激下，猩猩的智力显著提高。“虚拟空间工厂”的负责人蒂姆受幕后投资者的指示，鼓励安吉洛博士使用这种方法刺激黑猩猩原始的暴力中枢神经系统，以增强它们的攻击性，最终创造出比武器更强大的东西。安杰洛坚决拒绝那些战争流氓的妄想，因此投资者拒绝继续投资，安杰洛也面临停牌的困境。安吉洛不愿放弃对“虚拟空间”项目的研究，但他一直在为缺乏研究对象而挣扎。一次偶然的机会，割草工Job出现在Angelo面前。Job患有先天性智力残疾，从小就被一位牧师收养。他遭受着周围环境的欺凌和虐待，只有邻居的孩子彼得愿意和他交朋友。但乔布斯天生乐观善良，安吉洛决心让乔布斯参与实验。安吉洛在乔布斯身上进行了一个月的实验和培训，乔布斯的智商提高了四倍。这个惊人的结果让安吉洛充满了信心，但与此同时，问题也出现了。国内的研究设备已无法满足后续的研究需求。安吉洛不得不求助于蒂姆，希望能秘密借用“虚拟空间工厂”的中央实验室，继续在乔布斯身上进行实验。一方面，蒂姆欣然同意，但另一方面，他在幕后向投资者倾诉。随着研究的进展，安吉洛发现，虽然乔布斯的智力有所提高，但他也表现出了一些超出预期的迹象，比如暴力倾向。因此，他果断地停止了实验。经过调查，Angelo发现Job注射的药物不是他自己配制的，而是一种直接刺激人们剧烈中枢神经系统的药物。原来是蒂姆斯偷偷换的药。事实上，此时的乔布斯已经拥有了一种“用思想控制物质”的神奇力量。他甚至用这种力量烧死了这位看似仁慈、内心阴暗的牧师，并一直在虐待他唯一的朋友彼得的父亲，但没有取得好的结果。此时此刻，安吉洛意识到自己可能伤害了乔布斯，并试图说服他停止进入虚拟空间。但乔布斯已经失去了理智，甚至在智力上超过了安吉洛，独自进行实验。更让安吉洛惊讶的是，乔布斯试图利用虚拟空间来控制整个世界。在关键时刻，安吉洛将炸弹放置在中央实验室，以阻止乔布斯进入虚拟空间。不愿失败的乔布斯拒绝离开实验室，在爆炸声中，实验室瞬间陷入废墟。
