故事发生在东京的稻木坂学院。经济衰退、人口老龄化和其他社会问题使这所学校的招生成为一个挑战。由于找不到任何学生,学校不得不关闭,就在这时,九个年轻女孩站了起来。这些对学校有着深厚感情的女孩决定努力保护学校不被遗弃。动画在地球的舞台上展开,地球被神秘的外星人德拉克特和几乎所有的人类摧毁了。过去,Ikesia的居民过着普通的生活,对被抹去的毁灭之日的记忆一无所知。Ikesia是人类躲避外星人的避难所。