茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
前作から半年後を舞台に据えた完結編では、仕事に邁進して恋愛から遠ざかっていたゆうに再び恋の兆しが見え出す。なお今回は原作にはない完全オリジナルのラブストーリーとなっている。
2031年，由于作为下一代能源设备开发的“量子反应堆”的爆炸，世界发生了巨大变化。从地下传播的突然闪光吞没了城市建筑，覆盖了土地，最终，超越并融合了生物学、机械和植物的未知而独特的进化有机体“B.R.A.I”出现了。
