沐浴后的致命毒雨“蓝囊肿”引发的巨大悲痛“新月之泪”。100多年后，人类终于开始走上战胜这场灾难的道路。在被遗弃的世界中，围绕着Nest村强壮的活人，人们发现了配备了双重思维人工智能的人形“Megas”的形象。
Oki医生（石冢云生配音）看到了这种情况，把一只非常顽皮的皮卡丘送给了这个迷路的年轻人，皮卡丘拒绝为精灵球得分。于是，他们两人踏上了精灵宝可梦的旅程。在旅途中，他们的隔阂逐渐破裂，他们遇到了同伴成子（佐藤杂志配音）和宗慈（Hon Koji配音），并听说了凤凰王的传说。在彩虹羽毛的指引下，任何遇到凤凰王的人都将成为彩虹战士。。。“这部剧场版是《精灵宝可梦》动画系列的第20部电影。这部电影的情节改编自动画系列的第一集《精灵宝宝可梦！这取决于你！”，描绘了高知和皮卡丘开始冒险成为神奇宝贝大师的故事。
