《战国BASARA》中活跃的武将们,在现代高中再次展开了激烈的战斗:前任学生会长“丰臣秀吉”遭到停学处分,学园内群雄割据,为争夺新会长之位成为乱世。寻找教训的刑警柴奇的女儿被杀。警察组织进行了绝望的搜查,但案件仍未解决。事件发生15年后,成立了一个专门针对未解决事件的特别搜索小组,导致局势发生了急剧变化。当时,现场有很多疑问,因此调查没有任何进展。