由于“正体不明的烟雾”而变成“无法死去”之身的小林, 期盼着自身的死,拒绝与他人的接触。 对于这样的他的存在怀有兴趣的花崎向他提出“要不要加入‘少年侦探团’?”…… 小林与花崎。他们的相遇, 终将与世纪的犯罪者怪人二十面相和明智小五郎的因缘相互交错, 并推动两人的命运……
为了追踪叛忍百足,五代目火影网手(胜生真沙子 配音)命令大和(小山力也 配音)率领小樱(中村千絵 配音)、漩涡鸣人(竹内顺子 配音)、佐井(日野聪 配音)等人前往楼兰。楼兰某处地下藏有蕴含巨大能量的龙脉查克拉,很久以前被第四代火影封印。