在平安度过世界末日的危机后，佛陀（星野源 配音）和耶稣（森山未来 配音）这两位圣者得到了难得的假期。他们相约来到岛国日本，体验人世间的春夏秋冬和喜怒哀乐。佛陀继续着自制T恤衫的爱好，耶稣则迷恋各种动漫电玩，为此常常令生活费趋紧。
一天，一艘名为“I401”的潜艇出现在她面前。就这样，这群人成了潜艇的驾驶员。4月1日，一群同志聚集在潜艇里，怀抱着拯救人类的伟大理想，包括黑暗无忧无虑的吉原义弘（宫泽义弘配音）、温柔机智的八一静香（富山直也配音）、戴着面具的神秘编织和尚（松本鸣人配音）和活泼可爱敏捷的伊豆（津田美波配音），为了夺回本应属于人类的领土，与敌人展开了一场激烈的战斗。
在一个阳光明媚的日子里，柯南（高山南配音）、小兰（山崎和加奈配音）以及少年侦探队的朋友们在毛利小五郎（也由小山立配音）的陪同下前往大阪，参加当地举行的“高中生高岳杯”百人一和声比赛。
