冷漠寡言的千金大小姐榊由美子(田中凉子 配音),大大咧咧毫无防备的周防天音(田口宏子 配音),傲娇毒舌的金发双马尾松岛满(水桥香织 配音),表面天真无邪实则神秘莫测的入巢莳菜(民安智惠 配音),温文尔雅却略微有些天然呆的小岭幸(清水爱 配音),在这些个性迥异的女孩子们的围绕下,雄二会迎来怎样的校园生活呢?
为了防止犯罪团伙报复他,信义决定匿名并秘密追捕他们,希望能获得解药。有一天,新一的女友Maurilan来到阿里医生家,寻找她男朋友的下落。被小兰抓住的新一很快编造了自己的名字江户川柯南,然后柯南就和小兰在一起了。小兰的父亲森小五郎是一名私家侦探。新一可以利用他出去和他一起调查夜人的下落。柯南在小学时遇到了布美等小学生,他们一起组织了一支青年侦探队,向罪犯宣战!