2071年万圣节前夕,火星上的大城市突然发生了令人震惊的犯罪事件。一辆油罐车在高速公路上爆炸。事故现场的人们因不明原因生病,造成400多人死亡和受伤。如此大规模的杀戮似乎是由来历不明的生物武器实施的。
故事发生在《哥斯拉2:怪物之王》中,哥斯拉与泰坦怪物之间令人震惊的战斗使旧金山变得平坦,并证实了怪物的存在。凯特再一次被一个令人震惊的秘密吓坏了。面对巨大的威胁,她开始了一场全球冒险,以了解她的家人和神秘组织“皇帝”的真相。
谁知当一切都按部就班进行之时,意外突然发生。与此同时,距离大使馆不远的一座摩天大楼内,日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀,素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹(浅野麻由美 饰)也在爆炸中丧生。经过缜密追查,素子等人发现一种能够篡改记忆的病毒正在网络蔓延,而她的身世居然和一连串的事件有着密切联系。危机当前,阴谋悄然复出水面…… 本片根据士郎正宗的同名原作改编,系《攻壳机动队》诞生25周年纪念作品。