数年后，在人类与“柱”持续战斗的天空中，身披战翼的女武神们以及支援者女武神的男人们，为了拯救世界而拼上性命翱翔天际。日本也不例外，与耸立于灵峰富士的巨大柱对峙的3名女武神。她们每个人都具备强劲的能力，但却都是些问题儿童。此时，一位王牌飞行员因某些缘由从欧洲前来…… “来吧，是反击的时候了，人类。终将来临的决战之日——诸神的黄昏已近在眼前。”
在这个维度里，世界被分为“海”和“空”两大空间，在海中居住着被称为“海人”的古老民族，在幽暗宁静的海底，他们过着平静纯洁的生活。和海人相对应的，则是在陆地上居住的“空人”，由于缺乏了解，在海人的心目中，空人一直都是高大可怖的存在。
有一天，他唆使同伴三木阿克曼（三原希子饰演）和阿明·阿诺德（本田聪饰演）试图突破围墙，但他们目睹了一个超级巨人打破围墙，无数巨人疯狂涌入的恐怖场景。瞬间，这座和平祥和的城市变成了巨人的狩猎场，艾伦等人目睹了令人难忘的血腥场面。两年后，艾伦和阿明加入了调查团，准备和他们的同志一起出发，修复外墙，开垦被占领的土地。这注定是一次非常危险的旅程。。。这部电影改编自简山创在《杂志》上发表的同名漫画。
