那里,是威胁和平的人类之敌“恶魔党”大施淫威,与之对抗的Gatchaman率领的“科学忍者队”不停战斗的世界。 但,在对于这个世界的样子感到违和感的他们面前,一个男人的身影出现了。那是科学忍者队的创设者南部博士。对本应相识的健露出诡异表情的南部,向英雄们说出了意想不到的话语。“看来你们似乎是我的敌人”……。 此外,还有一个一直在楼顶窥视他们的身影。那是曾和健一同并肩对抗恶魔党的,科学忍者队No.2。 其名为“神鹰乔”。 四大英雄的全新激斗,将在银幕上拉开帷幕!
20世纪40年代,战争的阴影笼罩着世界。在日本的一个山村里,一个名叫黑川久史的中年男子(小田信满饰演)被征召入伍,并以截肢、半脸烧伤、耳聋和哑口的残疾人身份返回。他的妻子木子(Toshima Naruto饰演)无法接受这一事实,几乎准备自杀。
来自冥王星的巨大陨石Tanatos(希腊神话)威胁着地球上人类的安全。为了对抗Tanatos,人类正以国际太阳系开发署(ISDA)为出发点,秘密实施之前未知的开发计划“D项目”。