司波达也(中村悠一 配音)和妹妹司波深雪(早见沙织 配音)是魔法高校的新生,深雪是能力优秀的“花冠”,而达也则是作为其替补的二科生“杂草”。在学园中,兄妹两人结识了许多有趣的同伴们——个性大大咧咧不拘小节的千叶艾丽卡(内山夕实 配音)、文静胆小的柴田美月(佐藤聪美 配音)、正直勇敢的西城雷欧哈鲁特(寺岛拓笃 配音)、认真努力的吉田干比古(田丸笃志 配音),在学习的过程中,存在于学园之中的秘密也在逐渐揭晓。
于是,一些有特殊能力能够杀死神灵的少年和少女们出现了,我们称他们为弑神者。 草薙护堂(松冈祯丞 配音)是一个普通的高中生,一次偶然中,他打败了军神继承了他的能力,从此,一条弑神的道路在护堂面前展开了。与此同时,少女艾丽卡(日笠阳子 配音)、巫女万里谷祐理(花泽香菜 配音)、艾丽卡的好友利利亚娜(喜多村英梨 配音)等人也都逐渐发现了自己的能力,随着战斗的深入,他们发现,单打独斗绝非正道,只有团结起来,利用优势隐藏劣势,才有可能战胜那最后的,最可怕的,也是最强大的敌人。