在我的妹妹南弦爱(井上玛丽娜配音)和南千秋(前原十里配音)眼中,春香是一个母亲般的存在。夏娜是一个运动型女孩,四肢发达,性格活泼,有些困惑。她是每个人的开心果。但在千秋眼里,夏娜是个十足的傻瓜,但这恰恰是千秋表达爱的特殊方式——毒舌。千秋虽然看似冷漠成熟,但也有着出乎意料的细腻和幼稚的一面。南家的三姐妹有自己的特点,但她们都是那么善良可爱。在这个小城市里,他们过着轻松愉快的日常生活。
季節は秋になり、結城理をはじめとしたペルソナ使いたちによる特別課外活動部と異形の怪物「シャドウ」との戦いにも、終わりが近づいていた。しかし、「影時間」を終わらせるためシャドウとの死闘を繰り広げる理の前に、謎の転校生・望月綾時が現れる。第3章監督は「銀河機攻隊マジェスティックプリンス」「デート・ア・ライブ」などを手がけてきた元永慶太郎。