世冈学院是一所以严格的纪律而闻名全国的学校，普通高中生青间裕二（小林裕介配音）即将在这里开始新的校园生活。一场事故使杉树卷入了一个名为“SOX”的邪恶恐怖组织的阴谋。该组织的领导人Ayanami Huacheng（石川静香配音）实际上是石冈学院学生会的副会长！在这些“恐怖分子”的影响下，日治的生活会发生什么翻天覆地的变化——早期二女儿（日井里美配音）不成熟的外表和成熟的内在美，以及拥有与她可爱的外表极不相称的腹黑的鬼鼓修复（Horie Yuyi配音）？
整部电影采用倒带式的叙事风格，不断回溯，让人感受到命运的必然。亚历克斯（莫妮卡·贝鲁奇饰演）美丽性感，独自走在城市的地下，却被醉酒的罪犯盯上了。罪犯对她进行了残忍的强奸和虐待，使她美丽的脸庞变得有血有肉。
因此，具有特殊能力的“炼金术”被派往图书馆担任特务秘书，与转世作家作战，以对抗书中摧毁世界的“侵略者”，保护文学。
