由于社会上发生了一系列奇怪的事件，如成员自杀、短片中出现恐怖面孔，以及在即将到来的聚会上收到恐吓信，许多成员感到后悔。然而，其他人的麻烦是侦探们的乐趣，明智而持久的参与联合停留的尝试无法说服总统。当陷入困境时，神秘的美女侦探Kenazaki Biluko（滨比美博饰演）似乎挣脱了束缚，提出“不要问她的目的”和“她一起参与”作为条件，让智慧和叶村融入其中。
两年前，迪丹高中进入了国家足球联赛的决赛，但不幸的是，工藤新一（山口诚平配音）在点球大战中错失了一个关键进球，导致迪丹无缘全国冠军。幸运的是，比赛结束后，新一得到了东西义弘（由樱井隆弘配音）和远藤义弘等职业球员的表彰，他们强烈邀请他加入Noir Tokyo队，但新一礼貌地拒绝了。一周后，迪丹足球部的队员们聚集在活动室，却发现有人之前进入了一个装有密码锁的房间，并在黑板上写下了所有球员的缺点。尽管修正很切中要害，但每个人都立即开始猜测到底是谁干的。经过仔细推理，新一逐渐锁定了自己的真正目标。。。这部电影是《名侦探柯南》第16部剧场版《第11前进》的附赠电影。
为了报答自己的罪过，挽回失去的一切，兄弟俩踏上了寻找传说中的“哲人石”的旅程。几年后，一位右臂和左腿都被“机械盔甲”取代的国家炼金术士出现在人们面前。他被称为“钢铁的炼金术”。
