北原一树(Ryoshi Ryo饰演)在升入大学后,登上了叔叔经营的潜水店“GRAND BLUE”,与十年未见的表亲川端奈和川端佳纱(田由纪饰演)住在同一屋檐下。
某日,双叶幼稚园的孩子们正在船屋里愉快的玩耍,一位名叫美色(三石琴乃 配音)的神秘人物忽然现身,紧接着,一艘巨大的飞船将船屋整个抓了起来,来不及逃跑的风间(真柴摩利 配音)和小新(矢岛晶子 配音)等人和飞船一起消失在了空中。
春日望美(川上伦子 配音)是一位非常平凡的女子高中生,某日,在放学回家的途中,望美听到了神秘的召唤声,从而来到了一个正在进行着源平之战的平行异世界之中。