但曾担任联合舰队上尉的哈洛克(Kokuri Seon配音)背叛了盖亚的制裁措施,并驾驶他的阿尔卡迪亚,升起了反政府军的旗帜,成为一名逃亡了一百年的通缉犯。联合舰队司令Isola(森川清治配音)指示他的弟弟Yama(三浦春马配音)潜入阿尔卡迪亚号,探索尼伯龙根人发明的永动机的秘密。在此期间,哈洛克带领他的船员接近地球,而联合舰队则在太阳系中放置了一张网来阻止他的前进。遥远的祖国,久违的真相,震惊了所有人。。。这部电影改编自詹姆斯·松本的经典科幻漫画。
玛西娅的朋友里雅(森野爱一配音)被带走了,她和玛西娅一起消失了,还有玛西娅对年轻人克里姆的暗恋(加吉由纪配音)。在黑暗的森林中,幸存的玛西娅抱起了一名男婴,他的父母在之前的袭击中丧生。玛西娅收养了他作为他的母亲,并给他取名为Ariel(由Inano Free配音)。