故事发生在1999年，那个不详的世纪之末。坐落在深山之中，由于不断的发生灵异事件而被称为“超自然学院”的私立学校里，迎来了它年轻强势的新一任校长——神代玛雅（日笠阳子 配音）。
负责追捕头目的安全行动小组组长魏明（宣萱饰演）为了完成任务，命令特警向所有参与逃跑的囚犯开枪。蒋宁惊讶地看到所有人都被杀了，他也被冷血地枪杀了。醒来后，蒋宁已经在安全部门的秘密基地了，他根本没有被杀。魏明的真正目标是安排江宁从这个世界上消失。由于各种不方便公开的原因，该地区各国面临着许多紧迫的问题，决定成立一个由江宁领导的名为“隐藏的世界”的组织，以执行一系列非同寻常的任务。江宁精明能干，既有智慧又有勇气，善于掌握下属的专长。在入狱之前，他亲自带领特工在情报部门完成了几项几乎不可能完成的任务。在接受魏明的任命后，蒋宁的首要任务是按照对方的指示招募六名主要组织成员。他们每个人都有不同的职业来掩盖自己的真实身份，但事实上，每个人都拥有自己的专业知识
怪奇现象调查组织SSP成员某天收到了来自艾克斯奥特曼的变身器艾克斯终端。有雨落入了敌人的陷阱，特殊防卫队Xio的队员大空大地（高桥健介 饰）被迫与艾克斯奥特曼解除了一体化的联系。
