故事开始于第一季的七年后。高达模型的战斗规则已经进行了改革，使其在战斗中更受欢迎。尽管易志诚和凌斯获得了世界大赛第七届dare模特大赛的冠军，但这也给学校的盛峰学园带来了很多荣耀。
11岁时，一个名叫Ashikaga Taichi（藤田淑子配音）的小男孩与他的朋友石田大和（Kazuma Yuko配音）、武内空子（Mizuya Yuko配音。然而，他出乎意料地神秘地被带到了一个五彩缤纷的数字世界。在那里，他们找到了一个叫“数码宝贝”的伙伴。进入数字世界后，八神太乙和他的同伴们遇到了凶猛的怪物贝壳兽。就在所有人都快要被抓住的时候，太一的古老野兽突然进化成了霸王龙并救了他们。进化究竟是如何对事件做出反应的？什么是数字世界？无数的谜团出现在被选中的孩子面前，激动人心的冒险就这样开始了
两个小家伙信以为真，正先恐后向魔神城进发，期间克林还为小悟空制造不少的麻烦。历经千辛万苦，他们终于来到了目的地。与此同时，布玛、乐平、普尔和乌龙来找武天老师玩，得知消息后也赶往魔神城寻找小悟空，途中却遭到恶魔们的袭击，布玛更被看似英俊实则凶残的恶魔城主路西法俘虏。 此时此刻，恶魔们正在进行一项邪恶的计划，小悟空他们能否拯救危机呢？
