在一个漆黑的夜晚,一名间谍悄悄潜入日本警察局,从记录了各间谍机构重要数据的绝密文件中窃取了绝密数据。日本警方和联邦调查局特工赤井水一(池田秀树配音)立即追捕这名间谍。最后,逃犯的车从悬崖上掉了下来。
它——竟拥有少女的外表。 因“灾”的缘故而失去驾驶员母亲的少年“鸣谷慧”, 他遇见了闪耀鲜红光辉的瑞典制战斗机以及驾驶它的阿尼玛“格里芬”。 身为人类最终兵器却动作不稳定的格里芬,还有一心向往天空的少年, 两人漫长且炙热的故事就此展开。
故事发生在财羽大学的科学研究室,Ichikage Acorus(田裕功配音)和雪村心月(上田雄马配音)是在这里工作的两名研究生。有一天,令辛叶惊讶的是,她收到了菖蒲的供词。