20世纪初,在日本山梨县甲府的一个贫穷的小山村里,一个名叫安藤华(山田望也饰演)的好奇小女孩住在这里。父亲吉弘(石原刚治饰演)出身于一个流浪商人,知识渊博,主张让小花学习知识。他付出了很多努力,最终把女儿送到了东京的秀和女子学校。
某日 、结婚后的二叶离开娘家,开始和一花、三树一起生活,这样的四月一日家中到来了带着某个目的的神秘女高中生 (物述有栖)另一方面,搬家的二叶在卡拉OK吧「雅子」开始打工。在卡拉OK吧中老板娘的女儿・大森神生湖(天神子兔音)和酒屋的女服务生・若木春(夏色祭),打工同事的演员少女·山村忍(大空昂),三姐妹的表妹姐雨夜瑠美(朝之瑠璃)等充满个性的成员和四月一日三姐妹+借住陷入了大混乱……
彼らに対抗できるのは、「ペルソナ」と呼ばれる特殊能力を持つ者たちだけだった。私立月光館学園に転校してきた結城理はペルソナの力に目覚め、同じペルソナ使いたちで構成される特別課外活動部に引き入れられる。しかし、部員たちはそれぞれの理由で影時間の真相を追う中、想像を絶する運命と対峙することになる。