一天,一艘名为“I401”的潜艇出现在她面前。就这样,这群人成了潜艇的驾驶员。4月1日,一群同志聚集在潜艇里,怀抱着拯救人类的伟大理想,包括黑暗无忧无虑的吉原义弘(宫泽义弘配音)、温柔机智的八一静香(富山直也配音)、戴着面具的神秘编织和尚(松本鸣人配音)和活泼可爱敏捷的伊豆(津田美波配音),为了夺回本应属于人类的领土,与敌人展开了一场激烈的战斗。
一年后的生日,原本以为自己会回到孤独生活的次郎再次见到了她。这一次,“她”讲述了一个令人震惊的故事:“我是你创造的机器人,未来的次郎,回到过去保护你免受灾难。”就这样,“她“搬进了次郎的房子,开始和他一起生活。灾难似乎无意离开次郎,但次郎和她的关系早已在其中萌芽。爱情和时间的感人故事,保护未来的承诺,以及今天生活的开始。
故事发生在东京的稻木坂学院。经济衰退、人口老龄化和其他社会问题使这所学校的招生成为一个挑战。由于找不到任何学生,学校不得不关闭,就在这时,九个年轻女孩站了起来。这些对学校有着深厚感情的女孩决定努力保护学校不被遗弃。