某日,在同MU激烈交火之时,一位名为神名绫人(下野紘 配音)的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中,在这里,绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”,并且成为了它的驾驶者。 在神秘女子的紫东遥(久川绫 配音)的带领下,绫人来到了防护壁之外,加入了TERRA,并且在那里遇见了名为如月久远(桑岛法子 配音)的女子。MU组织对TERRA发起了进攻,当TERRA的存亡陷入危机之中时,绫人再一次驾驶着Rahxephon,成为了这个组织的救世主。
20世纪的最后一个夏天。在那一天,人类终于意识到自己并不是地球的唯一统治者。巨型生物“怪物”和驱逐怪物的终极存在“哥斯拉”出现了。在经历了与怪物长达半个世纪的战争后,人类屡败屡战,最终计划逃离地球。
“Makita Health”的总裁Makita Ryo(由Yoriko Yoshitaka饰演)是一位充满活力的著名实业家。15年后,当她再次见到曾经志同道合的宫崎大惠(松下小平饰演)时,大惠是一名刑警,柳是谋杀事件的重要证人。