某一日,一个名为莉柯丝(石见舞菜香 配音)的少女被一位名叫查克罗(花江夏树 配音)的少年发现在了废墟之中,当男孩遇见女孩,命运的齿轮开始了转动。 莉柯丝开始了在泥鲸的生活。德高望重即将成为下一任领导人的斯沃(岛崎信长 配音)、对岛屿外的世界充满了好奇的奥尼(梅原裕一郎 配音)、天真可爱不谙世事的萨米(金元寿子 配音),在岛上,每一段相遇都会交织出一段新的乐章。
这两个性格截然不同的人的人生轨迹因命运而联系在一起。成熟稳重、可靠正直的高桥义弘(田丸隆配音),温柔诚实,深受朋友喜爱,西尾千吉(村川理一配音),严格谨慎,让男孩远离他的高泽葵(白石春树配音),神秘神秘的山子罗曼史(槟村隆配音)。在充满青春气息的校园里,他们正在创作音乐。
某日,恭介突然表示要成立一支棒球队伍, 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中,理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会,潜入女生宿舍时被换上女装,一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情, 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中,理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而,这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及,理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语,自此开始——。