32岁时，一位名叫森泽美子（竹内惠子饰演）的空姐收到了人事调动通知，她很快将为新成立的樱桃航空公司工作。Cherry是一家以LCC（低成本航空）概念成立的航空公司。
在随后的几天里，那些躲在国家政治底层、依靠蓝绿色药丸执行各种绝密任务的特工相继死亡，而负责弄脏双手的前美国空军上校埃里克·贝尔（爱德华·诺顿饰），慢慢地伸出屠刀，躲在暴雪深山中阿拉斯加特工艾伦·克劳斯（杰瑞米·雷纳饰演）的大山里。突如其来的炮火袭击让艾伦意识到了自己所处的危险境地。在接下来的日子里，他不仅要在以前同伴的追捕中生存下来，还要找到为他提供持续体力和智力来源的蓝绿色药丸
当他认为崭新的校园将继续和平的日子时，一个名叫Yoshinosu（佐佐仓雅子配音）的女孩出现在了他的面前。奈绪也是一个超级能力载体，可以对特定的人隐身。此外，可以移动传送的高木真弘（水岛大洲配音），以及校园偶像黑宇优坂（内田真司配音），他们可以吸引他死去的妹妹黑宇美纱（内田真司配音）的灵魂。当这些年轻女孩在未知力量的牵引下走到一起时，命运的车轮开始转动。
