2016年,由于开始侵蚀世界的怪人“BugStar”=未知的电脑游戏病毒侵蚀开始。为了救助感染者,决定与BugStar战斗的天才玩家宝生永梦变身为假面骑士Ex-Aid。故事发生在一个叫Sakura Shin的小镇上,那里的人类和怪物打着和平的幌子生活在一起。然而,盛开的樱花带来了危机的预兆,越来越多的怪物出现在这里,人类和怪物的世界也开始融合。为了应对这场危机,“碧泉生命咨询公司”的成员挺身而出。