尽管依靠腰带的力量，他变身为假面骑士牙，但是对于自己为何能变身，为何不得不战斗，现在还尚未可知。然而，实际上，与Fungaia战斗的并非只有渡一个人。22年前，渡的父亲——音也已经从那时开始与猖獗的Fungaia战斗。 故事一边将渡所在的现在、以及22年前——年轻的音也结婚并生下名为渡的孩子之前——紧密地联系起来，一边发展。 22年前，音也未能铲除的Fungaia不断繁衍，并出现在现代的日本。渡化身为假面骑士牙，将其打倒，并以此形态将过去与现在相连。 然而，存在的并不仅仅只是双眼所能看到的形态。在各个时代生存着的人们的命运，将会与怎样的形态相连呢？为什么Fungaia的出现，会威胁到人类的存在呢？身在其中的渡和音也所背负的命运又是…？ 各种各样的人物，生活在各种各样的时代，故事正在发展。知道这2个时代的人，只有2个…那就是将Fungaia Hunter组织化的岛，以及22年前开始经营咖啡店「Coffee Mall Damour」的木户师傅。沉浮于2个时代的人们，掌握着他们命运关键的，是这2个人，还有父亲所留下的小提琴…！？
会津松平藩的武士笹原伊三郎（田村正和 饰）以上门女婿身分入赘妻家，和妻子（梶芽衣子 饰）相敬如宾，儿子与五郎（绪方直人 饰）耿直孝顺。这一日，会津藩侧用人高桥外记（北村有起哉 饰）突然带来一则惊人消息，因藩主（大杉涟 饰）宠幸之侧室阿市（仲间由纪惠 饰）惹出纷争，而被藩主一怒逐出，并命令下嫁笹原家。左右为难的伊三郎无奈承命，幸运的是温柔美丽的阿市很快习惯笹原家的生活，且与丈夫、公婆相处融洽。谁知好景不长，阿市与藩主所生之子成为继承人，作为生母的她面临被召回的命运。为了保护儿子、儿媳的幸福，伊三郎公然抗命，为此他不得不对抗全藩，跟被迫和挚友浅野带刀（松平健 饰）刀剑相向…… 本片根据泷口康彦的原作改编。
日本科学技术大学教授上田次郎（阿部宽饰）是一位物理学家，因为出版了《滚过来，超常现象》系列丛书而被别人称作“滚过来”教授。这些书描述了他破解诸多自称超能力者的骗局的故事。其实，真正破解这些圈套的是一位落魄的魔术师。
