在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。世界的命运交给了一个14岁的男孩，而隐藏在“第二次冲击”中的“人类完成计划”似乎也开始采取行动。掌握了所有答案的隐元都只是观察，没有任何动作，好像一切都已经写进了剧本。
役人のあまりの責めに耐え切れずおみつは罪状を認めてしまい、磔刑が下されることになり･･･。
自幼生长在江户的少爷（二宫和也 饰）耿直鲁莽，一言不合就挥拳相向，但是他绝对不会昧心说谎，颠倒黑白。在惹出一连串麻烦后，他被校长（佐藤浩市 饰）推荐去一处穷乡僻壤的中学任教。
