除杉崎外，剧组内还有制作人井坂善三（中山裕介 饰）、导演濑川学（小泽征悦 饰）、摄像师桥本政明（田中要次 饰）、录音兼照明人员小宫山秀一（川村阳介 饰）、副导演赤田（佐野ひなこ 饰）以及翻译麦哲伦（冈安章介 饰）。为了惊险的镜头，剧组不惜弄虚造假，制造悬念。当他们离怪兽所在地越来越近的时候，却在某山洞遭遇当地的反政府武装。 摄制工作朝着意想不到的方向发展，他们的探险也真正拉开序幕……
与此同时，一项应用面部识别系统的“新技术”的测试也在进行中。。。另一方面，柯南和一支青年侦探队被邀请到公园观看八章岛上的鲸鱼。这时，柯南接到重亚昂（赤井水一饰）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国被琴久杀害。为了调查真相，柯南秘密潜入黑田警卫和其他前往“太平洋浮标”进行安保工作的警察乘坐的安保船，并进入该设施。之后，在稳步准备系统启动的设施中，发生了一起案件——一名女工程师被一个黑衣组织绑架，她的装有一定情报的U盘也落入黑衣组织手中。可怕的螺旋桨声从海里传来。而此时此刻，在八丈岛上的阿石原爱身边，也有一道黑影悄然靠近
为了防止基德得手，女王身边布置大批保镖和警力。中森警官是日本警方的总代表，而他的女儿青子以及基德的真身快斗也同在这列火车之上。 眼看离预定时间越来越近，快斗却始终没有找到宝石真正的藏匿地点。与此同时，国际宝石大盗杰卡尔和罗丝也尾随前来，他们企图在基德得手之际趁火打劫。同在火车上的柯南从伪装成乘务员的罗丝身上看出蹊跷。一场宝石的攻防战随即展开……
