在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切，一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
少女Mizuzawa Moyang（木泽春菜配音）的出现打乱了小池平静的生活。小池的青梅竹马现在变成了一个亭亭玉立的女孩，小池一度无法适应。与此同时，小池的朋友森原一郎（水岛大辅配音）也遇到了恋爱的麻烦。当他意识到自己无法忘记Eiko（田中日惠配音）在脑海中的形象时，爱情女神的箭已经刺穿了他的心。足球女孩Sakuyno Tomorrow Summer（由平桥龙配音）从她的眼睛里看到了这一切，但她很固执，无法收回她对一惠的爱。在惠理南大学，一部有甜有苦的浪漫喜剧即将上演。
Shinigang（Michitaka Tsutsui饰）刚刚回到家乡，正准备帮助他的母亲大岛美子（Ryoko Oshima饰）进行洗骨仪式。在这里，他遇到了失散多年的父亲刚（傲天英儿饰）。母亲的去世给父亲带来了巨大的心理打击，父亲整天生活在悲伤中，再次酗酒。和刚一起回家的还有刚的妹妹洋子（Mizuzaki Ayanami饰）。作为名古屋的一名理发师，她也有自己的困境。
